Tra le numerose opere scritte di ildegarda, ne spicca una, singolare e poco conosciuta: Lingua Ignota per simplicem hominem Hildegardem prolata della quale, tuttavia, sono sopravvissuti solo due manoscritti, entrambi risalenti al 1200: il Codice di Wiesbaden e il Codice di Berlino. Il testo è un glossario contenente 1011 vocaboli con traslitterazione per la maggior parte in latino e in tedesco medioevale. Nel XIX secolo alcuni studiosi esperantista come Ernest Drezen nella sua Historio deta Mondolingvo credevano che Ildegarda avesse ideato il suo linguaggio per proporre una lingua universale che unisse tutti gli uomini (per questo motivo santa Ildegarda è riconosciuta oggi come la patrona degli Esperantisti). In realtà, non si tratta di una lingua artificiale di tipo universale quale l'Esperanto ma, più probabilmente, di un linguaggio segreto. Sin dall'antichità, infatti, era consuetudine usare la crittografia per trasmettere insegnamenti esoterici, messaggi o comunque informazioni che dovevano rimanere accessibili ai soli addetti. Proprio verso l'anno Mille, apparvero i primi alfabeti cifrati o monografici, usati nei trattati di alchimia e, successivamente, nelle missioni diplomatiche tra i piccoli Stati europei, in particolare dalle Repubbliche Marinare e dalla corte papale di Roma. Il grande alchimista Iohn Dee vi ricorse per il suo Enochian Dictionary, e si attribuì erroneamente a Ruggero Bacone la paternità di un manoscritto in lingua ignota chiamato Manoscritto di Voynich, nel quale sono trattati vari ambiti della conoscenza dall'erboristeria all'astronomia, assieme a tavole anatomiche, rimedi, ricette.
Nelle altre opere di Ildegarda, non viene mai fatto cenno alla Lingua Ignota, se non in una lettera indirizzatale dal suo segretario Volmar, in cui egli esprimeva la propria preoccupazione sul fatto che la Lingua Ignota e le opere musicali potessero scomparire del tutto alla sua morte. Nell'antifone In dedicatione ecclesiae, nel canto O orzchis Ecclesia sono presenti alcuni vocaboli della Lingua Ignota che rimandano alle grandi enciclopedie medievali che racchiudevano un percorso circolare della conoscenza umana, una specie di inventario del Creato. L’aggettivo Ignota significa una lingua "non-conosciuta" e ciò avrebbe senso dal momento che Ildegarda la definisce rivelata direttamente da Dio. Nella prefazione del Liber Vitae Meritorum Ildegarda scrisse sulla differenza tra il linguaggio degli angeli e quello degli uomini. La lingua ignota sarebbe il linguaggio creativo di Dio, una struttura primigenia ed unitaria, non ancora suddivisa in vari idiomi. Quando l’uomo si allontanò dallo stato paradisiaco, perse l’essenza della lingua, ed iniziò la confusione delle lingue. La capacità umana di parlare rimane un dono dello Spirito Santo e fa parte della creatività spirituale. Quindi la Lingua Ignota rimane il linguaggio delle nostre origini, dimenticato dagli uomini ma reso accessibile a chi ha il cuore puro e in perfetta connessione con il Trascendente, quale Ildegarda.